Kid l’insaisissable convoite le superbe joyau « Lady of the Sky ». Il prévoit son larcin lors d’un vol Tôkyô-Ôsaka en dirigeable. Bien sûr, Kogoro, Conan et toute la clique font partie du voyage.

Mais Conan est surtout sur ses gardes après une explosion de l’institut

de microbiologie. En effet, le groupe terroriste Red Shamu Neko prend le dirigeable en otage

et menace de lancer un virus sur le pays. Conan a six heures pour empêcher la

catastrophe, tout en surveillant le Kid qui s’approche beaucoup trop de Ran en se faisant

passer pour Shinichi…

 Un certain jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Cette-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal le lendemain ! Heureusement, après que Conan en ait entendu par Kogorô, il a réussi à éviter l'explosion et il n'y a eu aucune victime. 

 Était-ce un acte planifié par une personne qui a une dent envers Asakura ? Parmi les personnes impliquées dans la construction du barrage dans la préfecture de Niigata quand Asakura était encore Ministre des Transports, y a-t-il quelqu'un qui a une profonde rancune contre lui ? Puisque le coupable risque de déclencher une terrible catastrophe à tout instant, Conan et les autres ont décidé d'aller à la préfecture de Niigata pour démasquer le coupable.