Conan et ses amis effectuent une croisière sur l'Aphrodite, 

 un bateau de luxe.
Mais Sonoko est agressée au cours d'une partie de cache-cache, 

 et la situation change soudainement.
D'autre part, sur la terre ferme, le designer du bateau est assassiné.
Sur le bateau, Conan et Kogoro mènent l'enquête en se basant 

 sur le témoignage de Sonoko qui est finalement révéillée après avoir été retrouvée 

 à la morgue, évanouie.
Survient alors un meurtre !
Une disparition est également signalée sur le bateau !
Tous les événements arrivés sur terre et sur mer sont liés : tel est la conclusion de Conan, 

 après avoir eu quelques renseignements par la police qui est arrivée sur le bateau par hélicoptère.
Il suspecte un dénommé Kusaka, rencontré la veille.
Cependant, celui-ci a un alibi : il parlait au téléphone durant tout le meurtre.