Conan redevenu temporairement Shinichi est parti en Angleterre avec Ran, Kogoro et le professeur Agasa, pour une affaire urgente. Pendant ce temps Haibara qui a passé la nuit chez Ayumi semble être suivi par une étrange personne, de plus un coup de file de Conan demande à Mitsuhiko de faire en sorte que Haïbara n'approche pas de la maison du professeur. L'Organisation des Hommes en Noir aurait-elle compris que Haïbara et Sherry ne font qu'une personne et Subaru ferait-il bien partie de l'Organisation ?

Alors qu'il est tombé malade, Conan reçoit un coup de fil de Aï qui l'informe qu'elle a trouvé un nouvel antidote pour l'APTX4869. Conan se rend de toute urgence chez le professeur. Il est très faible et malgré les conseils de Aï, il ingère quand même le médicament. Lorsqu'il se réveille, il croit avoir retrouvé son corps. Mais il se retrouve propulsé 10 ans dans le futur, là-bas il apprend que Conan est au lycée et que Ran a été demandé en mariage par un professeur. Il apprend aussi que cela fait 10 ans que Ran attend Shinichi. Ran va-t-elle épousé le professeur ? Et Conan réussira-t-il à retourner à son époque ?