Un certain jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Cette-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal le lendemain ! Heureusement, après que Conan en ait entendu par Kogorô, il a réussi à éviter l'explosion et il n'y a eu aucune victime. 

 Était-ce un acte planifié par une personne qui a une dent envers Asakura ? Parmi les personnes impliquées dans la construction du barrage dans la préfecture de Niigata quand Asakura était encore Ministre des Transports, y a-t-il quelqu'un qui a une profonde rancune contre lui ? Puisque le coupable risque de déclencher une terrible catastrophe à tout instant, Conan et les autres ont décidé d'aller à la préfecture de Niigata pour démasquer le coupable.

 Kitano Sawamura a réuni de très nombreuses personnes pour le cinquième anniversaire du transfert du barrage. Le coupable est-il parmi eux ?
Alors que Conan allait commencer son enquête, une personne est retrouvée morte (pour une raison inconnue) dans les montagnes. Cela a-t-il un lien avec la menace d'explosion du métro ? Et quel est cet accident, vieux de huit ans, qui a laissé une si profonde cicatrice dans le cœur des villageois ??

Les tragédies du passé et du présent s'entrelaçant, le désastre devient imminent !