Un membre des forces de l’ordre a été assassiné ! Un espion est à bord de l'Aegis ! Et Ran est en danger ... Une mission extrêmement dangereuse ! La cible : Le Japon entier ! Flottant sur les mers, l’Aegis est un navire rempli d'explosifs ...ce navire a été le début de tout ... Kyoto : Dans la baie de Maizuru.

Une croisière est proposée sur l’Aegis. Conan, Ran, Kogoro y sont invités. Soudain, ils entendent un hurlement fort ... et un sentiment de malaise imprègne le navire ... Plus tard, ils trouvent un corps sans bras gauche. Et c'est le corps d'un des membres des forces de l’ordre. Ils notent un certain nombre de choses étranges sur le corps ... 
Alors que Conan enquête, il découvre que « X » un espion, se trouve à bord du navire. Qui est ce « X » ? Et quel est son lien avec le bateau ? L'ombre de l'espion commence finalement à tomber sur Conan et ses amis ... Un grande affaire bien au delà de tout ce qu'on puisse imaginer, qui pourrait faire basculer l'ensemble du Japon, se trouve à bord de l'Aegis !

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